La riera de Merlès és un afluent del Llobregat mitjà per l'esquerra. El seu naixement és al Pre-Pirineu, en terme de Sant Jaume de Frontanyà, al Berguedà, i té una trajectòria inicial de nord a sud, creuant o delimitant els termes municipals de Sant Jaume de Frontanyà, les Lloses, Borredà, la Quar, Sagàs i Lluçà fins a Santa Maria de Merlès, on agafa una trajectòria de nord-est a sud-oest fins afluir al Llobregat a mig camí entre Puig-reig i Navàs delimitant els termes municipals de Sagàs, Navàs i Puig-reig. És una riera de trajecte llarg i desnivells suaus i un cabal relativament considerable amb minves estivals petites, tot i que en estius secs s'eixuga pel gran cabal que s'extreu per al consum humà. En el seu pas per Santa Maria de Merlès, la riera de Merlès té un trajecte molt llarg, de més de 15 quilòmetres que comença a l'extrem nord, prop de la masia de Montclús, i en acaba al sud-oest de cal Estavirot, just sota el serrat de les Sis Quarteres i relativament a prop del Llobregat. El sector nord de la riera està protegit dins el Pla d'Espais d'Interès Natural de Catalunya o PEIN. Aquest mateix espai de protecció resta inclòs en la proposta catala Xarxa Natura 2000. L'espai protegit comprèn el tram entre la resclosa que hi ha sota el pont de Vilalta, a l'alçada de l'hostal de Sant Cristòfol, fins abandonar el terme municipal pel nord a l'alçada de Montclús. Es tracta d'una riera humanitzada amb una gran quantitat de rescloses, preses i ponts. De nord a sud, la riera de Merlès passa pel molí de Vilalta, el molí Nou, el molí d'Escrigues i el molí del Mas, a més de la Fàbrica, la Serradora i la Molina, tres punts on s'aprofitava també la força de l'aigua antigament. Moltes de les rescloses s'han conservat formant nombrosos embassaments al llarg del pas de la riera de Merlès pel municipi de Santa Maria de Merlès. També es troben nombrosos ponts al llarg del recorregut de la riera i diversos guals que permeten creuar-la. La riera de Merlès forma diversos espais d'interès paisatgístic com gorgs i goles, ja que bona part del seu curs transcorre entre grans formacions rocoses. Entre aquest punts destaquen les goles de Vilalta i el gorg Blau, tot i que són nombrosos els racons on la riera passa entre grans roques permetent observar a banda i banda nombroses incisions a la roca, testimoni d'antigues rescloses i passeres. Al seu pas per Santa Maria de Merlès, la riera només rep afluents relativament importants pel seu costat esquerra, com el Regatell que s'uneix a la riera a la zona de Vilalta o el riu de Pinya, que hi aflueix prop del gorg Blau. Pel la riba dreta només arriben petits torrents ja que la vall de la riera queda tancada per la Baga del Riambau i la seva prolongació cap al sud-oest. La riera de Merlès ha patit un retrocés en la conservació d'espècies autòctones. Si bé la qualitat de l'aigua segueix sent molt bona, l'abús de cabal per al consum humà a l'estiu i la introducció d'espècies no autòctones ha minvat la població d'espècies com el cranc de riu, substituït en molts punts pel cranc americà o les bagres i els barbs, espècies autòctones que han vist ocupat el seu espai per espècies introduïdes com el percasol o el black-bass. Tot i així, el fet que la riera estigui seccionada en moltes parts per les diferents rescloses ha permès que encara es conservin espècies autòctones, entre les que destaca l'espècie protegida Unio Aleroni, una petxina d'aigua dolça que sobreviu en alguns punts de la riera i als canals del molí d'Escrigues i del molí de Vilalta.
