La Riera del Merlès neix al terme de Sant Jaume de Frontanyà i té una trajectòria inicial de nord a sud, creuant o delimitant els termes municipals de Sant Jaume, les Lloses, Borredà, la Quar, Sagàs i Lluçà fins a Santa Maria de Merlès, on agafa una trajectòria de nord-est a sud-oest fins afluir al Llobregat a mig camí entre Puig-reig i Navàs alhora delimitant els termes municipals de Sagàs, Navàs i Puig-reig. La Riera de Merlès forma diversos espais d'interès paisatgístic com gorgs i goles, ja que bona part del seu curs transcorre entre grans formacions rocoses.
El naixement de la Riera del Merlès té lloc entre el Rec de Tubau i el Rec de Llentes, els que amb el Rec de Corrubí (aquests dos darrers al terme municipal de Les Llosses) formen el Rec de la Riba, que marca el límit oriental del municipi. Quan aquest rep les aigües de la Riera de Llimós (ja en terme de Les Llosses) forma la Riera del Merlès, el que a la vegada serà un dels afluents més importants del Llobregat en la seva llera esquerra. Al seu torn, la Riera del Molí també tributa a la Riera del Merlès, a l'est del municipi, ja al terme municipal de Les Llosses.
La riera gaudeix d'una gran quantitat d'aigua, però l'abús de cabal per al consum humà a l'estiu i la introducció d'espècies no autòctones ha posat en perill la conservació d'espècies com el cranc de riu, substituït en molts punts pel cranc americà, o les bagres i els barbs, ocupats pel percasol o el black-bass.
Depenent del seu transcurs en el terreny, l'orientació i la proximitat a l'aigua, a la vall del Merlès hi ha una gran biodibersitat de boscos i espècies. Al curs superior s'hi troben boscos eurosiberians, amb predomini de pi roig, avellaners i alguna fageda. Al curs baix s'hi troba un bosc mediterrani, amb predomini de pi blanc, roures i alzines. Mentre que vora la riera es troba l'anomenat bosc de ribera on s'hi troben espècies d'arbres de grans dimensions, com freixes, oms, gatells o salzes.
