El Molí de Baix o Molinot podria ser el molí medieval que apareix en diferents estudis històrics del municipi (MARTINEZ SOLSONA 1967, SOCA I TORRES, 2005), el que també gaudia d’altres molins que treballaven constantment. Aquest molí, junt al Molí de dalt o de Tubau, no ha estat inclòs en cap inventari de molins de la Riera del Merlès (AYMAMÍ 2011), tot i que sí que pertany a aquesta.
En un capbreu del priorat de Sant Jaume de Frontanyà del 1790 (ACS 1790), Antoni Tubau i Orriels, hereu del mas Tubau, confessa tenir en el seu terme “dos casas nomenadas lo Cortal de una y lo Ras de altra, habitadas y affocadas, y un Molí Fariner”, el que coneixem actualment com a Molí de Tubau o de Dalt, doncs el molí medieval de Tubau (més tard conegut com el Molinot) havia quedat abandonat després de la Pesta Negra de 1348. En aquest mateix capbreu de 1790 apareix la confessió de Caterina, viuda de Benet Rafart, pagès de Sant Jaume de Frontanyà que aquell 1790 va declarar davant el Prior “una casa o molí rònech y habitat i affocat nomenat antes lo Molí de Tubau y vuy lo Cortal de Baix de Tubau”. Aquest molí rònec era conegut antigament com a a Molí de Tubau, però a finals del s. XVIII estava totalment en runes i ja no tenia funcions de molí. La casa annexa a l’antic molí havia estat repoblada per la família Rafart i s’anomenava Cortal de Baix de Tubau o Molinot, topònim despetiu segurament per l’estat d’abandonament del vell molí, fins que anys més tard, amb la construcció del nou Molí de Tubau, va passar a ser conegut com a Molí de Baix.És possible que s’aprofitessin les pedres del Molinot medieval en ruïnes per a la construcció dels edificis, la resclosa o el rec del nou molí.
