Durant l'Edat Mitjana i fins ben entrat el segle XIX, els cementiris s'ubicaven al costat de les esglésies, i hom rebia sepultura al costat de l'església on havia estat batejat. A partir del s. XIX, però, amb el creixement dels pobles i ciutats i la implantació de nous hàbits higiènics públics, poc a poc s'anaren traslladant els cementiris a les afores dels nuclis urbans. Així, aquest cementiri va ser clausurat abans de l'any 1932, quan es va inaugurar el cementiri actual ubicat a les afores del poble dels Seguers.
En el subsòl del Cementiri Vell hi ha d'haver el cementiri medieval dels segles XI-XIV (que en la documentació de l'època apareix referenciat amb el terme 'sagrera'), quan l'església de Seguers havia estat parròquia per primera vegada. Al seu torn, aquest cementiri medieval substituiria a una necròpolis més primitiva excavada a la roca que es localitza a tan sols 80 m de distància.
