Segons la bibliografia consultada, l’antic cementiri de la vila de Rupit consta documentalment des de la primera meitat del segle XVII, tot i que és força probable que estigués relacionat amb la construcció del primer temple dedicat a Sant Miquel Arcàngel, bastit entre finals del segle XIII i principis del XIV i renovat durant el segle XVII. L’any 1640, durant una visita pastoral que denuncia l’ús incívic de l’espai (s’hi estenia roba i s’hi abocaven deixalles), se l’anomena fossar de Sant Miquel.
A principis del segle XVIII, aquest ús incívic del fossar continua, alhora que es fa patent que l’espai no compleix les condicions idònies per a la pràctica funerària. La creixent pressió demogràfica i urbanística que experimentà la vila durant el segle anterior, sumada a l’erosió del cingle per la banda de migdia, provocaven que el cementiri s’anés reduïnt cada cop més. En aquest sentit, l’any 1710 es manà construïr una tanca que delimités l’espai per evitar aquests condicionants: “Ordenam y manam al Rector y obrers desta iglésia de Sant Miquel de Rupit que fassen fer en la part de mitg die del fossar de dita iglésia una paret, perquè la terra no puga caurer a las terras dessota dit fossar, y que se alse la que està a la part de son ixent de modo que per ell no si puga passar, ni per demunt, llansar a dintre de dit fossar las immundícies, que indecorament si tiran y portan, manant a tots y qualsevol persona de qualsevol estat, grau, orde o condició sien que de aquí al devant no porten, tiren ni fassan portar immundícies a dit fossar, sots pena de excomunicació, y que se abstingan de fer las gallinas a dit fossar, applicant per lo predit tota la diligència y cuydado, y als dits Rector y obrers que cumplen lo predit, dins lo termini de dos mesos del dia de la publicació de la present visita en havant comptadors, sots pena de 10 lliures de béns propris pagadoras y a nostra àrbitre aplicadores per lo que costarà dita obre” (Solà, 2006: 202).
En relació a la tanca, i segons la bibliografia consultada, cal dir que la llinda del portal d’accés al recinte estava gravada amb l’any 1775.
Finalment, l’any 1952 el cementiri de Rupit fou traslladat a la seva ubicació actual.
