Les primeres referències documentals de la capella de Santa Margarida són del segle XIII, però els seu origen pot ser més antic.
Era un petit monestir de donades que servien a la santa i cuidaven el culte de la capella; la primera donada que consta és Ermessenda Pasqual l'any 1255. La capella formava part de la parròquia de Sescorts.
L'any 1277 es van convertir en comunitat estable o jurídica. La documentació no parla de la regla que seguien, però segons la historiografia posterior, eren augustinianes.
La primera prioressa del monestir de Santa Margarida, Ermessenda Pasqual va comprar l'any 1282 el mas Vila-seca, veí de la capella, al noble Dalmau de Rocasalva i a la seva muller Cília.
Al segle XIV la comunitat, degut a l'aïllament del lloc i la seva pobresa, es va traslladar al carrer Sant Pere, extramurs de Vic.
La capella de Santa Margarida de Vila-seca va continuar, com el mas, sota la propietat de les monges de Vic, cuidada per un sacerdot que, al extingir-se la comunitat a finals del segle XVI, va perdre el nom de prior.
La capella actual va ser reedificada pels volts de l'any 1620, adossada al mas, a un centenar de metres de la primitiva, de la que només se'n coneix el setial, al lloc on ara hi ha un pedronet.
A la capella es reunia el comú o universitat dels termes de Curull i de la Vola, als quals estava unit Sescorts.
L'any 1823 va ser desamortitzada o secularitzada la finca del priorat o mas de Santa Margarida.
