La primera referència documental de Vila-seca és de l'any 898, quan els esposos Martí i Algereda venen un camp de "Villasicca" (Vila-seca).
A la segona meitat del segle XIII es va establir al mas la comunitat de monges de Santa Margarida, quan Ermessenda Pasqual, la primera prioressa, va comprar l'any 1282 el mas Vila-seca, veí de la capella, al noble Dalmau de Rocasalva i a la seva muller Cília. La documentació no parla de la regla que seguien, però segons la historiografia posterior, eren augustinianes.
Al segle XIV la comunitat, degut a l'aïllament del lloc i la seva pobresa, es va traslladar al carrer Sant Pere, extramurs de Vic.
La capella de Santa Margarida de Vila-seca va continuar, com el mas, sota la propietat de les monges de Vic, cuidada per un sacerdot que, al extingir-se la comunitat a finals del segle XVI, va perdre el nom de prior.
La capella actual va ser reedificada pels volts de l'any 1620, adossada al mas, a un centenar de metres de la primitiva, de la que només se'n coneix el setial, al lloc on ara hi ha un pedronet.
L'any 1823 va ser desamortitzada o secularitzada la finca del priorat o mas de Santa Margarida.
