La primera notícia històrica la trobem l'any 983, a l'acta de consagració de Sant Llorenç prop Bagà. El 1279, Berenguer d'Eneveig deixà testament amb el desig de ser enterrant en aquest lloc. Més tard, els anys 1393, 1394, 1395, 1497 es fan diferents donacions a l'església que a vegades s'anomena amb categoria de parròquia, amb alguns senyors del terme que disposen ser enterrats (AA VV, 1988). L'any 1394 el senyor Pere d'Avellanet disposa donar vuitanta florins per tal que "l'església sigui ben adaptada". Al 1621 era sufragània de la parròquia de Sant Esteve de Bagà. Durant el segle XVII el culte seria abandonat, situació que s'ha mantingut fins els nostres dies. La factura de l'absis és del segle XII, mentre que la nau va ser reconstruïda al segle XIV en la part de la volta. Al segle XVI hi havia un campanar que ha desaparegut totalment ja que els senyors de Bagà, per por a robatoris, van traslladar les campanes a Bagà. Es va realitzar una restauració els anys seixanta a càrrec de la Delegación Provincial de Juventudes” que va treure el guix de l'interior de la nau i va reparar la teulada, El dia 1 d'agost de 1961 s'entronitzà la nova talla en pedra de Sant Joan i s'inaugurà la restauració. L'any 1987 els Amics dels monuments de la Vall del Bastareny de Bagà, van repassar la teulada i van començar a fer un aplec el dia de Sant Joan que encara es realitza.
