Aquest molí apareix lligat a la història del mas Gener i el trobem a la documentació des d'època moderna, com a tal. La Consueta Vella de Santa Eugènia de 1639 diu que aquest molí fou edificat al 1591. El mas Gener consta des del segle XII amb el nom de Gener de Palou, per haver-se format dins l'antiga vil·la rural del Palou. Un dels edificis vinculats a aquest mas era el molí del Gener, tot i que es conserva molt poca documentació al respecte. Un altre document notable és del 8 d'agost de 1277, i en ell Pere March de Santa Eugènia i Elisenda de Benages, amb el seu fill Ramon, estableixen i confirmen a Ramon Januario de Palaciolo o del Gener de Palou i a la seva mare Berenguera i també a Ramon de Cirer, Bernat de Moles, Ferrer de Cirer, Pere de Palou, Pere de Solà, Berenguer Anax i Ferrer Julià, la facultat de prendre aigua, ells i els seus successors, en el torrent que discorre de Berga i en altres torrents de la parròquia de Santa Eugènia, i portar-la cap als seus masos per regar. Per això els pagaran un cens anual de dos parells de gallines. En Ramon Gener de Palou pagarà, a més, un tribut de 6 sous anuals per la facultat de disposar ell tot sol de tota l'aigua tots els dissabtes des de la posta de sol fins a la sortida de sol del diumenge i tots els dimarts de cada setmana, des de la sortida de sol fins a la posta. El document porta escrit al peu i en lletra dels segles XVII o XVIII l'establiment de l'aigua del molí del Jener en lo any 1277. Sembla tractar-se d'una confirmació i un nou establiment, ja que al 1259 la senyora Beatriu de Torroella havia fet una concessió semblant a un antecessor del Gener de Palou. Des del 1068 es cita un molí, el molí d'en Guitard, situat a tocar el riu Gurri, a l'alçada de Plantalamor. Del segle XIII en endavant trobarem altres molins com el de Gener i el de Conca, aquest en el Samuntà. Altra informació la proporcionen els Llibrets de Compliment Pasqual, concretament el del 1826, on hi ha llista dels masos i les persones que hi viuen majors de 8 anys, i on es detalla que el Molí del Gener tenia 7 habitants.
