Al llarg del segle XII trobem documentació sobre el mas de l'Església i també sobre el casal del Congost. Però serà el 1289, quan apareix documentat per primer cop, el mas Santa Eugènia en la seva denominació definitva. Aquest mas s'havia associat a la família Ecclesia, documentada cap el 1200, i que per proximitat i possible vinculació a la capella, hauria acabat adoptant el nom. Així, en la documentació del XIII, trobem esmentats "manso de Ecclesia sive de Sancta Eugenia", que ens evidencia aquesta vinculació. L'estructura actual del mas data del s. XVI. Una llinda de la finestra de la façana ens dóna la data de 1720 JAUME SANTAUGENIA; i al mur lateral hi ha l'inscripció: MVS 1945. Des del 1940 la parroquialitat del terme ha passat a Santa Eugènia del Congost, i segurament es portà a terme en una reforma per aquestes dates, que vindria confirmada per la data de la inscripció de la façana principal. Dins l'evolució familar dels propietaris, podem destacar que Adelaida Vila i Vilardebò, fou la última pubilla del mas Santa Eugènia a finals del segle XIX.
