Aquesta Pallissa, seria construida poc després del Mas Santa Eugènia, la part més antiga dataria del segle XVI. La construcció d'annexes de caire agrícola és molt corrent en l'evolució de la masia catalana. Serà a partir del segle XII que trobem documentació sobre el mas de l'Església i també sobre el casal del Congost. Però serà el 1289, quan apareix documentat per primer cop, el mas Santa Eugènia en la seva denominació definitva. Aquest mas s'havia associat a la família Ecclesia, documentada cap el 1200, i que per proximitat i possible vinculació a la capella, hauria acabat adoptant el nom. Així, en la documentació del XIII, trobem esmentats "manso de Ecclesia sive de Sancta Eugenia", que ens evidencia aquesta vinculació. L'estructura actual del mas data del s. XVI i potser seria en aquest moment que es van edificar part dels seus annexes, un dels qual la pallisa de Santa Eugènia. Des del 1940 la parroquialitat del terme ha passat a Santa Eugènia del Congost, i segurament es portà a terme en una reforma per aquestes dates, que vindria confirmada per la data de la inscripció de la façana principal del mas Santa Eugènia i algunes reformesi remodelacions a les altres dependències.
