La primera vegada que tenim constància del mas de la Clota és en el capbreu (declaració de béns) de 1390-96 fet a la Baronia d'Eramprunyà, deu anys després que s'hi haguessin establert nous pagesos per contracte d'establiment amb Jaume March II, senyor d'Eramprunyà, com a conseqüència de la pesta que devastava la població i que afectà a nou masos entre els quals s'incloïa la Clota. En aquest capbreu, on apareix anomenat Bernat Clota, s'especifica que és un dels masos que no han canviat de nom, per tant significa que ja existia anteriorment. Segons el mateix capbreu, la Clota estava situada a l'est del puig de la Desfeta i que llinda al nord amb el Coll de Ça Palosa i a l'oest amb el Mas Fontanelles. Tornem a trobar la Clota en el capbreu de 1595, essent el seu propietari A. Petit. Encara que probablement hagués canviat d'amos, continuava mantenint el mateix nom. Al segle XVII, entre els anys 1610 i 1620, vivien a la Clota la vídua Petita, el seu fill Jaume Petit, la dona d'aquest i el seu fill Joan. De la informació extreta podem dir que a més hi havia anys on s'hi afegien de 3 fins a 21 persones més a la masia.
Durant el segle XVIII trobem que vàries dones de la Clota van tenir càrrecs d'administradores de la Confraria de Nostra Senyora dels Dolors, com una tal Maria Petit que entra com a administradora de la Confraria el 1728. A finals del segle XVIII, al cadastre de 1767, consta que a la Clota hi vivien tres xarmataires amb les seves famílies, un total de 17 persones. A partir de 1789, coincidint amb una època de guerra i crisi, només hi trobem 5 o 6 persones que hi vivien. Més tard la Clota seguirà sent habitada fins a la primera meitat del segle XX.
