D'aquesta església no en coneixem gaires notícies. Segurament els seus orígens estan vinculats al castell de Mejà, situat al turó immediatament al seu seu costat però del qual gairebé no en queden vestigis. Aquest castell apareix documentat a partir de l'any 975, quan el comte Oliba Cabrera de Cerdanya-Berga va fer donació d'un alou que afrontava amb el castell de Mejà. El domini eminent estigué en mans dels comtes de Cerdanya-Berga i passà posteriorment als de Barcelona. El primer feudatari conegut fou Ramon Bernat de Castelladral, que també ho era del castell de Coaner. En el jurament de fidelitat els dos castells apareixen junts. El terme del castell de Mejà era molt petit i és possible que fos absorvit pel de Salo i, com aquest, passés a dependre de la família Òdena. Al segle XIV ja pertanyia a la família dels Cardona i estava vinculat al vescomtat creat el 1314. Els Cardona hi exercien la jurisdicció civil i criminal fins a una època indeterminada en què el terme fou cedit a l'abat de Sant Vicenç de Cardona, que l'any 1718 consta com a senyor de Mejà. Aquest domini encara persistia l'any 1831, poc abans de la desaparició dels senyorius jurisdiccionals.
Pel que fa pròpiament a l'església, l'any 1391 en un document sobre un capellà beneficiat de l'església de Sant Vicens de Cardona es situa el mas Vilalta a la "parròquia de Santa Margarida de Meya". Així mateix, en el Llibre Gran de les Feixes de Coaner es deixa constància de l'existència de l'església de Mejà des de finals del 1600 (CAROL, 1992: 31). Més tard, però, Santa Margarida de Mejà va quedar com a sufragània de la parroquial de Salo. Segons una inscripció, l'any 1594 els llavors priors de l'església (Francesc Solà, Francesc Riera i Cristòfol Cort) van fer-hi obres que probablement van consistir en un nou portal d'estil renaixentista a la façana de migdia. Segons Josep CAROL (1992: 31), l'any 1790 l'església va ser reformada. Tal com hem dit, en la petita construcció annexa a l'església hi devia haver la Casa del Comú de Mejà. Ja durant la Guerra Civil de 1936 fou utilitzada com a magatzem, i fou llavors quan s'hi obrí el gran portal a la façana nord. Posteriorment ha quedat sense culte.
