L'església de Sant Pere de Vilalta apareix esmentada en un document de l'any 950 i se'n conserva l'acta de consagració, del 1063. D'aquesta primitiva església no en queda res. En aquesta època al nucli de Vilalta hi havia una petita comunitat de pagesos, almenys des del segle X. En els documents apareix com a la Vila alta. A més de l'esgléia hi havia també una torre. L'actual església es degué construir a finals del segle XIV o principis del XV, en un estil gòtic en transició al Renaixentisme. A finals del segle XVI i principis del XVII, coincidint amb l'època d'esplendor del mas, va tenir algunes reformes no sabem de quin abast, però que van afectar com a mínim el presbiteri. El 1866 es renova el campanar de torre sobre la volta, el qual va ser restaurat el 1954. Les campanes es van traslladar a l'església de Sant Cristòfol de Figuera, ja que els amos del mas de Figuera van ser propietaris de Vilalta bona part del segle XX. L'església de Vilalta tenia un retaule barroc del segle XVII, molt semblant al que es conserva a Claret dels Cavallers, però fou destruït durant la Guerra Civil de 1936.
