El lloc del Quer és documentat des de finals del segle X, mentre que l'església de Santa Fe és documentada l'any 1259, quan era regida per un donat (SERRA VILARÓ, 1930, vol II). Diferents llegats testamentaris a favor de l'església van fer possible la seva construcció al segle XIII, així com el suport econòmic dels prohoms de la vila de Bagà que van considerar a Santa Fe co-patrona de la vila, juntament amb Sant Esteve. L'església fou reformada al segle XIV, però al segle XVIII es bastí l'actual construcció aprofitant els fonaments i part dels murs de l'església romànica anterior, i fou beneïda l'any 1766. Durant la Guerra Civil de l'any 1936 va ser destruïda i avui resta abandonada. Damunt la porta hi havia un finestral amb vitrall que il·luminava l'altar amb el frontis fet de rajola valenciana amb la imatge de la santa i un senzill guarniment a tot el vol. Tenia també un petit cor de fusta