Hi ha poca documentació referent a aquesta església, tot i que va ser construïda als voltants del segle XI. No exerciria mai com a parroquial, sinó que dependria del monestir del Sull o de Sant Sadurní de Maçaners, essent una capella rural. El 1311 i 1312 hi ha notícies històriques del vilar de Molers que era de Ramon de Vila i de Berenguera de Lillet. A finals del segle XV el matrimoni de Bartomeu i Violant de Guillemas li deixaven en el seu testament 1 ral. També devia ser sufragània de Sant Sadurní de Maçaners. Pere Fortuny, rector de Saldes, el 1324 acordà amb Ramon de Sant Sadurní, senyor del Sull, que durant un any residiria al Sull, serviria a l'església de Sant Salvador i diàriament oficiaria a la capella de Sant Sebastià i ajudaria al capellà de Maçaners oficiant a l'església de Maçaners a les sufragànies, probablement la de Molers. El 1632 es va fer una visita pastoral a la parròquia de Saldes que incloïa la visita a Sant Ponç de Molers. El visitador manà no celebrar més misses perquè l'església es trobava amb les portes obertes i en molt mal estat. La rehabilitació de Sant Ponç de Molers van consistir en la reconstrucció de la volta esfondrada, consolidació dels murs de la nau i es va recomposar el campanar d'espadanya. Sant Ponç és el 11 de maig, es fa una missa i la cantada dels goigs.