Les pintures interiors de l'església són realitzades al tremp de cola sobre morter de calç als murs. Es representen els següents temes: entre el retaule i el primer arc es representa la Santíssima Trinitat que corona la Mare de Déu, acompanyada de Sant Pere, Sant Antoni, Sant Pau i els àngels músics. Entre el primer i el segon arc, els quatre evangelistes amb les figures del tetramorf. Entre el segon i el tercer, les figures humanes que representen les virtuts teologals fe, esperança i caritat. A la volta sobre el cor, una panoràmica al·legòrica de Bagà. A les petxines de cada tram de la volta hi ha diversos símbols que fan referència a títols que es donen a la Mare de Déu en la pregària lletànica. A cada costat del presbiteri, dos grans quadres representen la Immaculada i la Mare de Déu amb l'infant. La resta d'espais estan omplerts amb elements ornamentals. La decoració és de caire neoclàssic amb imitacions de l'arquitectura clàssica i personatges trets de la imatgeria popular. Predominen els tons grisos en les zones de menys importància iconogràfica, mentre que a la resta els colors són més variats i alegres. Les columnes i laterals dels arcs de les capelles que allotjaven els retaules també estan pintats, amb un marbrejat verdós i figures d'àngels amb decoracions fetes amb full d'or. Amb la restauració només es van deixar dos al descobert, ja que els altres estaven en molt mal estat de conservació i no es van poder recuperar. Aquestes darreres pintures estan fetes amb pintura a l'oli, i també s'atribueixen a Miquel Moliner.