L’antecedent de l'Arxiu de la Corona d'Aragó va ser creat l'any 1318 per Jaume II d'Aragó, com a Arxiu Reial amb la seu al Palau Reial Major de Barcelona, amb l'objectiu de conservar tota la documentació generada als territoris on s'exercia la soberania.
Al segle XIX l'arxiu es va traslladar al Palau del Lloctinent, i l'any 1994 es va inaugurar la seu actual al carrer dels Almogàvers. La titularitat de l'arxiu correspon a l'Estat Espanyol, però la gestió recau sobre els diferents governs autonòmics que formaven part de la Corona d'Aragó (Catalunya, País Valencià, Illes Balears i l'Aragó) a través del Patronat de l'Arxiu de la Corona d'Aragó des de l'any 2007.
El document més antic que custodien data de l'any 844, mentre que el pergamí més antic és de l'any 1178. Està classificat entre Reial Cancelleria, Reial Patrimoni, Reial Audiència, Consell d'Aragó, Generalitat de Catalunya, Hisenda, Ordes religiosos i militars, Protocols Notarials i Diversos i col·leccions.