El primer temple es consagra l’any 1079, pel bisbe de Girona Berenguer Guifré. Tot i que en tenim poca informació, la parròquia de Santa Maria de Pineda – d’estil romànic – estava sota domini dels senyors de Montpalau. Aleshores, l’ocupació del territori era dispersa, entre camps de conreu i masies.
El primitiu temple romànic es substitueix per un de gòtic. Al llarg dels segles ha soferts nombroses modificacions. Des de 1514 s’encarreguen diverses reformes a diferents mestres d’obres. La més destacada és fruit d’un dels episodis històrics més coneguts: l’atac pirata que va patir el poble l’1 d’agost de l’any 1545, per part del corsari turc Dragut. L’església fou atacada i els pirates robaren tot allò que era de valor. A partir d’aquell moment, el temple i altres indrets de Pineda es fortificaren. La llinda de la porta d’entrada ho recorda amb la següent inscripció: «A 1 d’Agost de MDXLV a punta de alba XI galiotes de turchs posaren la gent en la plage, cremaren les portes de la Sglesia e moltes cases, e mataren e cativaren LXX animas; pujant fins a casa de Palau. A migjorn se tornaren enbarcar. Per reparo dels poblats s’és fortificada esta Sglesia de Pineda»
L’autorització per a fortificar l’església arriba el 27 de maig de 1562, i s’emmuralla el recinte al voltant de l’església. Les obres van a càrrec de Jean de Tours. Altres edificis van seguir el mateix exemple, i es fortifiquen cases com Can Jalpí, Mas Cànovas, o Can Castellar, construint-hi torres de defensa.
S’encarrega la construcció de la nova sagristia al mestre d’obres Miguel de La Gaspi. D’aquesta mateixa època és la capella de Sant Joan Baptista i el retaule major, pintat per Gabriel Bou, de Girona. La segona reforma important es produeix al segle XVIII, quan es van construir les dues naus laterals més i una altra porta d’estil barroc, a la façana de llevant, amb la llinda que té gravat l’any de construcció (1718) i el campanar, a més de la façana barroca.
Finalment al segle XX es basteix la Capella del Santíssim, construïda per Josep Perpinyà. Presenta tres rosasses amb vitralls emplomats i una imatge de la Pietat, esculpida per Frederic Marès.
L’aspecte de l’església actual és el resultat de la intervenció que es va portar a terme l’any 1948, a causa dels desperfectes causats durant la Guerra Civil espanyola, quan l’arquitecte Isidre Puig Boada va decorar la façana exterior amb els esgrafiats que es poden veure actualment. A partir de 1939, començaren les obres de restauració sota la direcció de l'arquitecte Isidre Puig Boada. Es va coronar el campanar vuitavat, i s’instal·là la campana.
La darrera restauració de la façana data del 1988, quan es va trobar el sarcòfag que hi ha a l’interior del segle XIV o XV.
