L'església és situada dins els territoris que formaven part de la històrica Vall de Lord, dins el comtat i bisbat d'Urgell i que més tard quedà integrada a la batllia de Cardona. Santa Maria d'Aguilar fou l'església del Castell d'Aguilar (podio de Aquilario) des del segle XII i possiblement parroquial als seus orígens. Va ser consagrada el 14 de juliol de 903 pel bisbe d'Urgell Nantigís (BARAUT, 1978), al lloc anomenat "Villa Hichilani", amb l'intenció, no de fer-la parròquia, sinó de ser un lloc d'oració i celebrar-hi el sacrifici. L'any 1183, es van fer llegats pietosos a l'església pel testament de Solextendis (AADD, 1985). Va mantenir el seu caràcter parroquial al menys fins al segle XIV, ja que l'any 1312, en la visita al deganat de la Vall de Lord, se li confirma aquesta categoria. El segle XVII ja era sufragània de Sant Esteve del Pujol de Planès i més modernament ho fou de Sant Andreu de Gargallà. La església va ser abandonada al segle XVIII, quan va ser construïda una nova molt a prop amb la mateixa advocació.
