La primera referència documental de la capella la trobem en la seva acta de consagració, datada de principi del segle XI. Tot i així, sembla que es tracta d'un document falsificat del segle XII. Sí que està ben documentat que el dia 23 de gener de 1099 la capella fou cedida per Damlau Icla, junt amb tots els seus béns, a la pabordia de Sant Tomàs de Riudeperes, que en mantindria la tutela fins al segle XVI. Al segle XII funcionava com una capella rural on assistien habitants dels nombrosos masos documentats a la zona, no arribant a ser mai una parròquia. Al segle XIII el mas Colomer ja n'era benefactor, i la propietat seguia essent del monestir. L'any 1329 Berenguer sa Masó, prepòsit de Sant Tomàs, va encomanar a Mn. Pere Serra a cuidar-se també de la capella de Sant Joan del Prat, a banda de la de Santa Maria de Mont-rodon. Després de la pesta negra, en tenia cura Maria, vídua d'Arnau Vilaseca. El culte a la capella es va mantenir al llarg dels segles, i hi trobem diversos llegats en els testaments dels feligresos. En la visita pastoral de 1686 consta que es troba en mal estat de conservació, tot manant que els habitants dels masos Colomer, Tosell, Om i Gorombau que en tenien cura la reparació de la volta i el cor de l'edifici. Des de 1877 pertany a la parròquia de Tona. Durant la Guerra Civil fou saquejada i profanada, tot i que va poder salvar-se el retaule del taller dels Ral de Vic.
