La pallissa de Vilaïner està situada uns metres al sud de la masia de Vilaïner, en un punt elevat i sobre un important desnivell. Es tracta d'una pallissa de grans dimensions bastida amb murs de maçoneria de pedra amb carreus treballats delimitant les cantonades. La teulada és de doble vessant amb aigües a les façanes laterals. L'important desnivell sobre el que s'assenta la pallissa provoca que pel nord només sobresurti el nivell superior de la pallissa. La façana principal, orientada al sud, mostra a l'extrem inferior un gran mur de contenció de maçoneria de pedra que en alguns punts supera els 5 metres d'alçada i que anivella el punt on s'assenta la pallissa. Per sobre, els dos nivells que conformen la masia queden completament oberts, amb pilars de pedra treballada i en el nivell inferior, també amb barana de pedra treballada. La façana oest, parcialment coberta d'heura, conté al nivell inferior un portal emmarcat amb pedra treballada i llinda de fusta on s'observa una data inscrita molt erosionada (s'intueix la data de 186-). Al primer pis hi ha una obertura gran emmarcada amb pedra treballada i llinda de fusta. La façana nord es troba parcialment coberta d'heura i només compta amb un nivell a causa del desnivell sobre el que s'assenta la pallissa. Únicament hi ha una gran obertura al centre, emmarcada amb pedra treballada i llinda de fusta donant accés al nivell superior de la pallissa. La façana est es troba totalment coberta de vegetació i parcialment enrunada ja que una part de la teulada i els murs de càrrega es troben esfondrats.
