Les troballes d’època ibèrica, romana i la necròpolis alt-medieval suggereixen que aquest ja era un lloc sagrat probablement des d’antic.
En època alt-medieval el lloc s’anomenava Ecclesias Clavatas, i és documentat l’any 926. L'església apareix citada en l'acta de consagració i dotació del monestir de Sant Llorenç prop Bagà, l'any 983. Aquest any a l’indret d’Ecclesias Clavatas hi havia una “domus” (que caldria interpretar com un petit monestir femení) dedicada a santa Maria, sant Llorenç, sant Pere i sant Joan. Josep M. BADIA (1988: 163) creu que abans d’aquest petit monestir hi havia al pla de les Esglésies quatre nuclis de vida eremítica, que més tard passaren a fer vida comunitària per influència de l'esmentat monestir, i es centraren en una sola església, la de Santa Maria, que reuniria les advocacions de les altres esglésies ermitanes. Aquest seria el significat del terme Ecclesias Clavatas, que s’hauria d’entendre en el sentit de “esglésies clavades” o “enclavament amb esglésies”. Al mateix temps, també hi havia l’alou Ecclesias Clavatas, sobre el qual hi ha hagut molta confusió i que, segons Badia, no s’ha de confondre amb el lloc d’Ecclesias Clavatas. Tal com hem dit, el lloc és al voltant de Santa Maria de les Esglésies, mentre que l’alou estava situat a la zona de Taurons, i no incloïa ni Santa Maria de les Esglésies ni la major part de la parròquia de Sant Cugat.
Una nova església, romànica, es va consagrar l’any 1038. El 1258 tenim una referència explícita del fet que aquesta església, que depenia del monestir Sant Llorenç prop Bagà, va acollir un grup de donades per indicació del seu abat. La comunitat no deuria estar gaire desenvolupada, ja que com a representant se cita una tal Maria moniali, i no se sap si es regien per una regla ni si aquesta era la benedictina, com caldria suposar per la dependència del monestir mare. La vida monàstica no va durar gaire, i al segle XIV ja no n’hi havia. Aleshores Les Esglésies ja només era parròquia.
