L'origen del santuari de la Mare de Déu de Cabrera, cal buscar-lo en el castell de Cabrera, entre finals del segle IX o inicis del següent.
El fet de que surti esmentat dues vegades en deixes testamentàries del 1247 i del 1311 un altar o devoció a Sant Miquel, patró típic dels castells, a la primitiva capella de Cabrera, podria fer pensar que la capella original, estava dedicada a Sant Miquel i que, més tard, la primitiva advocació fou suplantada per la gran devoció a la Mare de Déu, típica dels segles XII i XIII (PLADEVALL, 1993: 33).
Segons la documentació antiga, als segles XII i XIII, era la capella pròpia dels castlans de Cabrera, però també un lloc de devoció de tota la contrada, regida per un rector. Després de la seva destrucció causada pels terratrèmols del segle XV, i la posterior restauració, va deixar de ser la capella del castell per a convertir-se en el santuari popular.
El santuari actual es va erigir entre els anys 1611 i 1641, en substitució de l'antiga capella de Cabrera.
Les parròquies de l'àmbit devocional de la Mare de Déu de Cabrera eren Sant Julià de Cabrera, Santa Maria de Corcó, Sant Andreu de Pruit, amb la seva sufragània de Sant Llorenç Dosmunt, Sant Pere de Falgars i Sant Cristòfol de Tavertet.
El santuari custodiava una imatge de marbre del segle XIII, destruïda durant la Guerra Civil.
