La primera notícia documental que es coneix del temple és una venda de l'any 1022 mentre que el 1025 ja exercia funcions parroquials, com es veu en una venda del comte Balaguer I i la seva esposa Guisla. L'any 1080, en el testament de Ramon Sinfret recollit al Libri antiquitatum, es reafirma la funció de parròquia del temple. L'any 1113, l'església passa a mans de Mir Riculf per la donació de Guillem i Ermessenda. A partir del 1393, el temple passa a ser jurisdicció del bisbe i del capítol de Barcelona. Durant el segle XIV, la parròquia tenia dos beneficis, el de sant Joan i el de santa Maria en la capella de Santa Maria de Malanyanes. De l'altar de sant Joan sabem que ja existia l'any 1077. Per les visites pastorals dels anys 1413 i 1421 sabem que el temple tenia 27 parroquians i que es valorava en 65 lliures. L'església de Santa Agnès es considera un temple situat entre el romànic tardà i el gòtic, datat entre finals del segle XIII i principis del segle XIV. De l'antic temple romànic es conserva un fragment del mur de l'absis, els murs laterals, el frontis i la part baixa del campanar. L'absis romànic va ser enderrocat i substituït per fer l'actual l'any 1868. La portalada és gòtica i l'any 1306 podria ser la data d'acabament de la seva construcció. Les capelles van ser construïdes en diferents moments. L'any 1559 es va construir la capella del Roser, el 1627 la de sant Isidre, el 1705 la de sant Bartomeu i el 1765 la del sant Crist. Tot i que la part inferior del campanar és romànica, la resta del parament fou bastida al segle XVI. La sagristia és del segle XIX i el cor és modern.
