L'organització religiosa al municipi de Figaró-Montmany es va centrar en l'establiment de tres esglésies parroquials: Sant Pere de Valldeneu, Sant Cristòfol de Monteugues i Sant Pau de Montmany organitzades al voltant del Castell de Montmany. Al llarg de l'Edat Mitjana també aparegueren pel terme altres esglésies i capelles sufragànies, entre les quals destacaren la capella de Sant Rafael, esmentada per primera vegada l'any 1508. L'antiga capella apareix documentada des de 1413 quan Guillem Figueró va fundar-ne el benefici eclesiàstic. Aquesta documentació s'ha de relacionar amb la família Figueró que implanten el primer hostal al peu del camí ral i perviurà fins al segle XVII, moment en què es traslladen a viure a Barcelona. Aquesta capella apareix esmentada en diversos documents, un és al 1581 quan s'esmenta unes obres de reforma a la capella de Sant Rafael del Figaró i a les parròquies de Sant Pere, Sant Pau i Sant Cristòfol de Monteugues, motivades per la contrareforma. La capella es va reedificar al segle XVIII i de nou entre 1838 i 1841, llavors es converteix en centre parroquial. Així doncs, l'actual església de Santa Anna i Sant Rafael, fou construïda expressament a mitjan segle XIX en substitució de la capella anterior d'origen baixmedieval i emplaçada en un lloc proper, més enlairat. El motiu del trasllat de la parroquialitat fou molt polèmic, sobretot per part dels rectors de Sant Pere de Vallcàrquera que no volien traslladar-se al temple de Sant Rafael del nucli del Figaró, construït l'any 1776 i reformat el 1850. El trasllat, lògic tenint en compte el desenvolupament del nucli, es va allargar durant uns 25 anys per la resistència del rector de Vallcàrquera al canvi i al seu propi trasllat al Figaró, fins que el 1870 consta com a nova parròquia l'església del Figaró. Aquesta funciona actualment com a església parroquial i va ser durant la Guerra Civil Espanyola, al 1936, que també va ser utilitzada com a centre per a refugiats.
