Cap el 1200, Pere gros de Fogars i els seus familiars feren donació a Guerau el Puig Montells (Turó de Sant Corneli) amb la finalitat de construir-hi una església en honor a Sant Corneli, sempre amb el consentiment del bisbe de Girona. L’any següent, Pere Canadell de Guerau s’havia afegit als iniciadors. D’altres fonts el citen com a primer prior.
L’any 1017, Guerau comte d’Urgell i vescomte de Cabrera en cedí el domini al monestir agustinià de Santa Maria de Roca-rossa.
Un informe de l’any 1391 redactat per una comissió indica l’incendi patit per l’ermita 40 anys abans i expressant la voluntat de vendre-la, com així va ser al Síndic d’Hostalric per un valor de 400 florins d’or. Hi visqueren ermitans als que es donà autorització per escollir-se els confessors.
L’any 1397 es documenta per un costat una comissió per informar d’una concòrdia, proposada pels ermitans amb el rector de Fogars, a propòsit de primícies i una aprovació de contracte entre el monestir de Roca-rossa i fra Andreu Torranella, ermità de Sant Corneli, segons el qual haurà de satisfer al monestir de cent sous anuals.
L’any 1403 es dóna llicència per celebrar-hi missa i demanar caritat amb altars de Sant Corneli, Santa Maria i Sant Pere.
En una nota del llibre parroquial de censals, s’informa d’una venda del 30 d’agost de 1563, de la casa, terres i altres drets e Sant Corneli. Consta feta a la notaria de Tordera. Un altre fragment de la nota diu que el 13 de juliol de 1593 en el manual 20 de la “Cúria Eclesiàstica Gerundencis, foli 202” hi consta la concòrdia que es fa per dita venda. Comprèn a més dels drets de primícies, les terres, la casa de l’anacoreta i la capella.
Durant els segles XVII i XVIII, els administradors de la caixa de la confraria de Sant Corneli donen comptes anuals de les despeses per consum i manteniment de l’ermita. En destaquen les ocasionades pels actes del 16 de setembre, festa del patró: músics, paraments de la capella i l’assistència de dos preveres a l’ofici i a la processó. D’aquesta confraria sempre en formaven part els hereus del mas Saboia.
L’any 1810 patí la destrucció per part de les tropes franceses i ja no es va tornar a refer.
