Segons J. de la Vega, la presència de les dues moles amagades a l'interior de la cova podrien estar relacionades no amb un trull sinó amb la molta de pólvora, durant les guerres carlines, i també fa constar que el mateix passava amb el mas de Les Cases.
La preparació i trituració dels diversos components que formen la pólvora (salnitre, sofre i carbó vegetal) es podia realitzar de forma manual o mitjançant un molí, normalment a partir del segle XVII, més o menys sofisticat. En tot cas es devia fer a petita escala per evitar o limitar el risc de deflagració. Damunt la solució de salnitre s'hi abocava el sofre i el carbó barrejats. Després s'escalfava per evaporar l'aigua i finalment es portava a les moles del molí. De salnitre se'n troba a Collbató en el massís de Montserrat i ja en el segle XIII s'aprofitava de les coves del Ratpenat en el mateix municipi.
Xavier Sitjes i Ramon Vall pensen que aquesta cova hauria estat originàriament eremítica, ocupada pels fundadors dels monestirs i esglésies durant el segle X, vinculats abans d'abraçar l'observança benedictina, per algun tipus de pacte monàstic visigòtic. Per tant, segons aquests autors, la cova es tractaria d'una eremita que després donaria lloc a la construcció de l'església vella dedicada a Sant Pere i Sant Fermí al segle X i XI, documentada des de l'any 951 com a sufragània de Vacarisses, tot i la descoberta d'un ara paleocristiana, podria fer pensar en un lloc de culte molt més antic.
