Aquesta capella es troba erigida al lloc hi havia hagut el castell de Gaià i un anterior poblat ibèric. El tenant d'altar dels segles X-XII indicaria que en algun punt del turó ja hi havia hagut una capella més antiga, ben probablement vinculada al castell i de la qual se n'ha perdut el rastre. No coneixem notícies documentals de la capella moderna que, per la seva tipologia constructiva, podria deduir-se que fou construïda al segle XIX. Era situada dins la propietat del mas Noguera, el qual va heretar els drets del castell de Gaià.
Segons la memòria popular, l'emplaçament de la capella i la dedicació a Santa Àgata obeïen al fet que aquesta santa era la patrona de les dones, incloses les bruixes, i també era advocada contra les pedregades i calamitats naturals. Segons la creença popular, la santa tenia controlades les bruixes i no permetia que provoquessin malvestats. Així, des d'aquest emplaçament dominant la capella exercia una mena d'escut protector envers el territori de l'entorn i venia a ser com un complement del comunidor que hi havia al costat de l'església parroquial (TORRES; FONT, 2016: 263). De fet, per la col·locació del tenant d'altar en un punt estratègic al vessant sud del turó, sembla que es podria haver utilitzat en rituals de benedicció del terme o en exorcismes.
Ja al segle XX, després d'un temps que la capella quedés abandonada, la propietària Teresa Miralda Domingo i el seu cunyat i administrador en van promoure i finançar la restauració l'any 1983. Hi van intervenir veïns i grups d'escoltes de Barcelona i Navàs, i el paleta que va dirigir les obres fou Josep Matamala. El 1986 es va beneir la capella i la nova imatge de santa Àgata. Josep Matamala Bruch va esculpir la llinda que hi ha sobre la porta, amb l'any de la inauguració. Llavors es va iniciar el costum de fer-hi un aplec anual, per la festa de la santa, el febrer. S'hi diu missa, es canten els goigs (una composició moderna, del mateix 1986) i s'ofereix un refrigeri. Anys més tard la capella fou cedida a l'Ajuntament amb el compromís de mantenir l'aplec.
