Amb el nom de Xarxa Natura 2000 es protegeixen els espais fluvials que travessen el municipi: el riu Congost, el riu Mogent i el riu Besòs. Aquest darrer nascut de l’aiguabarreig del dos primers. Tots tres són rius que transcorren per un territori amb una elevada pressió antròpica; per una banda, la urbanització industrial i per l’altra, l’elevada freqüentació a la zona del circuit d’alta velocitat i el soroll que comporta.
El riu Congost neix a Collsupina, a la font del Regàs. És un corredor biològic entre el massís del Montseny, la Serra Prelitoral Septentrional i la costa, ja que el seu curs discorre per la plana i connecta tots aquests espais.
El riu Mogent, és un segon corredor, que neix a la comarca del Vallès Oriental, al vessant septentrional del Corredor i s’uneix amb el Congost entre els termes de Montmeló i Montornès del Vallès per donar naixement al Besòs. Té nombrosos afluents, que neixen des del vessant nord del Montseny (riera de Cànoves, riera de Giola, riera de Vilamajor i el torrent de Valldoriolf), des del vessant sud de la Marina – Corredor (riera d’Ardenya, torrent de Séllecs, torrent de Sant Bertomeu i el de Can Mora).
El riu Besòs es forma de l’encontre del riu Congost amb el riu Mogent, just on hi ha el pont nou, no massa lluny del paratge de la Font de Santa Caterina. A partir d’aquest moment, transcorre paral·lel al Polígon industrial anomenat Sota el Molí i la zona de la deixalleria municipal, per entrar a Martorelles i Mollet del Vallès, moment en que rep el riu Tenes pel seu vessant hidrogràfic dret.
Tots tres rius tenen un comportament de caire mediterrani, és a dir, que poden créixer sobtadament en època de pluges per baixar després ràpidament. En el seu pas per Montmeló, el terreny està constituït pel llit d’inundació ordinari del riu, i hi estan associats els dipòsits de còdols i roques plutòniques amb nivells més fins d’argiles i sorres.
Malgrat el seu grau d'artificialització, s'hi poden trobar fins i tot comunitats vegetals ripàries característiques dels rius mediterranis. Destaca en negatiu, la canya americana (Arundo donax) que és una espècie invasora molt abundant en tots tres espais protegits. Per altra banda, la introducció d’elements artificials ha donat naixement a la formació de sistemes lacustres artificials que tenen un gran valor ecològic i paisatgístic. Aquests sistemes actualment estan ben integrats amb l’entorn físic i natural i s’han convertit en refugi de nombroses espècies d’aus. A més, tot aquests espais són zona de caça de l’àliga marcenca i zona d’hivernada pel blauet i la cotoliu o la tallareta cuallarga.
A banda dels ocells, també destaca un altre tipus de fauna, pròpia dels ambients humits, com són els amfibis: el gripau corredor i el d’esperons, la reineta i el tòtil. Com a rèptils hi ha la tortuga de rierol i dues espècies de sargantanes, la ibèrica i la roquera. Destaca el llangardaix ocel·lat, la serp blanca i la d’aigua. Pel que fa als mamífers, hi ha eriçó, i nombroses comunitats de quiròpters, com la rata pinyada pipistrel·la, el ratpenat de vores clares i el ratpenat dels graners.
