L'església es troba documentada el 933, quan el comte Sunyer de Barcelona va donar-la al monestir de Santa Maria de Ripoll, junt amb altres esglésies montserratines (Santa Maria, Sant Martí i Sant Pere). Les dades posteriors són molt reduïdes, es constata la seva existència durant el segle XIII (llegat testamentari que el 1294 es feia a Sant Iscle de Montserrat) i les notícies continuen donant-la com a existent el segle XIV.
Durant els segles XV i XVI s'utilitzà com a hospital pels pelegrins que pujaven a la muntanya de Montserrat, i posteriorment s'utilitzà com a capella del cementiri que hi havia al costat. Durant la Guerra del Francès el monestir fou utilitzat com a polvorí i la capella quedà afectada. El 1858 fou restaurada.
L'extensió del culte a sant Iscle en època visigòtica ens fa pensar que possiblement el teme actual pugui tenir antecedents d'aquesta època.