L'origen de les col·leccions del Museu es remunten a l'any 1868 quan s'inaugura l'Exposició Arqueològica Artística d'Art Retrospectiu a la Casa de Caritat, organitzada per l'Ajuntament de Vic i el capítol catedralici. El pas decisiu per la creació d'un Museu va ser l'any 1889, quan s'uniren les primeres peces exposades i els objectes que havia anat reunint el bisbe Morgades dels que treia de les parròquies de la diòcesis de Vic que es trobaven en perill de desaparició. Entre 1891 i 1985 la intensa recollida de material van fer créixer els fons del museu, que prengué gran impuls amb el nomenament de Josep M. Gudiol com a conservador el 1898. El 1932 se'n fa càrrec el doctor Eduard Junyent que traslladà els objectes a un nou edifici de l'antic col·legi de Sant Josep. Degut al mal estat de l'edifici es va enderrocar i s'ha construït un nou que s'inaugurà l'any 2003. El museu conté objectes des del neolític fins al segle XIX, principalment religiosos, essent molt importants els d'època medieval.