El topònim del Prat de Dalt s'identifica des del segle XIV amb el de Prat de Sant Tomàs. Ja a l'any 1319 es fa esment del Mas Prat de Sant Tomàs, i es podria afirmar que aquesta cita fa referència a un hàbitat proper a l'ermita de Sant Tomàs, de la qual ha hi ha notícies al final del segle XII.
Per un abandonament primerenc, del qual no s'en tenen més notícies, el topònim del Prat de Dalt ha passat a identificar l'actual masia situada al peu del turó del Prat de Dalt, prop de la carretera de Caldes a Sant Feliu de Codines.
Segons el Sr. Oller, propietari de les terres, fa potser 50 anys, que en aquest turó, el llavors secretari de l'ajuntament de Sant Feliu de Codines, aficionat a l'arqueologia, realitzà una prospecció del lloc, i trobant fragments ceràmics que farien pensar que aquestes restes estarien associades a la mateixa època constructiva de l'ermita de Sant Tomàs, i per tant, podrien oscil·lar entre els segles IX i X.
