La col·lecció del Monestir de Santa Maria de l'Estany es troba organitzada amb 4 sales: A la primera sala, la sala d'art religiós, s'exposa el tresor parroquial de Santa Maria de l'Estany, així com altres peces de caràcter religiós procedents d'altres esglésies o particulars. De tots els elements que es troben a la sala, cal remarcar la creu processional de Santa Maria de l'Estany, d'argent (s. XVII), la bacina de la Mare de Déu de la Llet (segle XVIII), el reliquiari de la Vera Creu (segle XVII), un copó barroc (segle XVIII), i el conjunt de crismares ( s. XVII-XIX). Són també interessants les escaparates amb diferents Mares de Déu, procedents de cases particulars i la col·lecció d'utensilis per elaborar les sagrades formes. A la paret també hi ha una gran matraca de campanar que substituïa les campanes per Setmana Santa. Sala del Lapidari: Aquesta Sala guarda elements de pedra de diferent naturalesa. Són molt interessants les làpides sepulcrals gòtiques, amb representació del calvari (segles XIII i XIV), l'ossera de la família Centelles (s. XI-XII), i les tombes antropomorfes (s. XI-XII). Cal remarcar el conjunt de claus de volta barroques procedents de l'església del monestir (s. XVII), amb sants i àngels en relleu amb pedra i guix. Les sales següents mostren peces de molt diversa naturalesa. Cal remarcar una esplèndida calaixera de sagristia, de fusta de noguera, amb una delicada marqueteria (1733), els recipients de ceràmica per a ús domèstic i el mostrari de rajoles de revestiment, de diferents èpoques (segles XVII a XX). Ja sortint, cap al claustre, és interessant la porta plafonada d'interior (segle XVII).
