Històricament la masia de Can Margarit es correspon a un dels masos medievals del terme de Castellbisbal. Documentalment la trobem referida a partir del cens parroquial del 1573 amb el nom de Margarit de Fontanillas, sent propietaris Joan Margarit de Fontanilles i la seva família. Al cens parroquial del 1600, tot i que la casa conserva l'apel·latiu Fontanilles, els hereus ja no ho recullen al seu cognom, ja que ho són Jaume Margarit, la seva esposa Beneta, i els seus fills Caterina, Miquel, i Pau. RUIZ (1998:162). De l'observació detallada del conjunt es dedueix que es tracta d'un edifici constituït com a masia i vivenda agrícola que podria haver estat aixecat entorn al segle XVI, conservant d'aquell període elements de la façana principal, especialment el portal adovellat. En línies generals, cal pensar que l'estructura bàsica de la casa es pot correspondre a aquell període. Amb tota probabilitat, a finals del segle XIX la casa fou reformada obrint la finestra balconera de la façana de ponent i afegint el cos adossat a aquesta façana actualment desaparegut. En les primers dècades del segle XX degué ser afegit el cos rectangular del sud-est destinat a tasques agrícoles. Tot indica que la família Margarit, devia ser la propietària del mas fins que el 1887 la darrera pubilla es casà amb Pere Serafí. La parella construí la vivenda residencial al davant de la casa - Can Serafí de Can Margarit -, deixant la vella masia com a residència dels masovers. La casa degué estar ocupada fins a la dècada de 1930-1940 entrant desprès en un procés de degradació molt acusat.
