L'origen d'aquest arxiu es remunta a l'any 1107, segons consta en dos privilegis papals de Pascual II. S'organitzen en origen a partir de les dues sèries més importants: "Mensa Episcopal" i "Registra Communium". La primera té els seus orígens en el privilegi del rei Lluís II de França (878), segons el qual es concedia al bisbe de Barcelona, Frodoino, les primeres propietats i drets importants. La segona sèrie data de 1303, iniciada pel bisbe Ponç de Gualba. Arxivers que han estat claus per la història de l'arxiu diocesà són: Antonio Campillo Mateu (1721-1779), el P. Caresmar, abad de Les Avellanes i mossèn Josep Sanabre (1926-1972). A partir de 1972, sota el mandat del senyor cardenal Jubany es reorganitza l'arxiu, s'adapten els locals i es microfilma la pràctica totalitat dels arxius eclesiàstics.