Antigament la capella s'havia anomenat Sant Cristòfol (documentada des de l'any 923) i, segons tots els indicis, havia estat la capella del castell d'Oristà. Enderrocada pels terratrèmols del segle XV, es concedeix al rector d'Oristà construir de nou la capella de Sant Cristòfol, situada al puig de Sant Joan. El permís especificava que hi podien aixecar dos altars, l'un dedicat a sant Cristòfol i l'altre a sant Sebastià, protector contra la pesta que es va popularitzar a tot Catalunya durant el segle XV. A partir del segle XVII ja s'anomena església de Sant Sebastià i el 1686 arran de la visita del bisbe Antoni Pasqual se sap que no tenia sagrari, ni fonts, ni fossar i s'hi deia missa matinal cada diumenge.
L'any 1722, en temps del rector Jaume Codina, s'aixecava la nova capella de Sant Sebastià en substitució de la capella que s'hi havia bastit en el segle XV. Damunt del dintell es col·locà una bonica dovella central pertanyent al portal d'arc de mig punt de la capella anterior, on hi ha esculpida la imatge de Sant Cristòfol en un estil goticitzant, a datar probablement de la segona meitat del segle XVI. L'angle esquerre de la façana fou aprofitat com a base d'un petit campanar, el qual sobrepuja la teulada de la capella un parell de metres.
El divendres 24 de juliol de 1936, entre les dues i les tres de la tarda, milicians del Comitè Antifeixista de Vic es presentaren al poble d'Oristà i procediren al saqueig de l'església parroquial i de la casa rectoral. Apilaren imatges, mobles, ornaments i la documentació de l'arxiu parroquial a la Plaça Major i hi calaren foc. L'endemà, dia de sant Jaume també saquejaren la capella de Sant Sebastià. Hi foren destrossats l'altar i les imatges. Acabada la Guerra Civil es renovà el culte a la capella, un cop netejada i pintada i s'hi col·locà una imatge de sant Sebastià de nova factura, costejada per una família del poble, que es reposà el dia de la festivitat del sant, el 20 de gener de 1941 (ORDEIG;1995).
