L’església és possiblement d’origen romànic, però el document conegut més antic data de 1301 quan Ramon de Soler, clergue i rector de Santa Maria de Capellades, llegà dos sous a Santa Magdalena de Sant Elies. La següent noticia és del 1304, quan el rector de Mediona, mossèn Bernat Sapossada, establí a Bernat Pujol i al seu fill la capella de Sant Elies amb les seves terres i possessions, amb el pacte que hi col·laborés portant creus, canelobres i el que fos necessari en senyal de donatiu i que il·luminés i netegés els draps de l’església. Torna a aparèixer citada el 1316 i el 1323.
El 1614 es van fer algunes obres a la capella però, a causa del seu mal estat, fou enderrocada parcialment i es feu nova el 1684 conservant molt poca cosa de l’antiga construcció. Amb el temps i l’abandonament es va ensulsiar parcialment, arribant així fins ben entrat el segle XX. En aquesta centúria s’hi ha fet una restauració refent el sostre i els elements malmesos.
