Tot i que possiblement els seus orígens siguin medievals, les primeres mencions documentals que en tenim són del segle XVI. Antigament, el Molinot rebia el nom de Molí de la Coma. Apareix per primer cop en un document de l'any 1577, on Francesc Coma ven a carta de gràcia tot el molí fariner destruït anomenat molí d'en Coma, a la riera de Clarà, en el terme de Capolat (Galera, 2020). Sabem, doncs, que en aquest moment el molí ja existia, però es trobava en males condicions. En canvi, al segle XVIII el molí tornava a estar habitat i en funcionament. En un document del 6 d'agost de 1791, es parla del fet que el Molí de la Coma és habitat i afocat i el seu propietari útil, Bernat Boixader, reconeix tenir-lo pel duc de Cardona (ACA, Notarials, Cardona, 1046, pàg. 54). El nom del molí devia canviar durant la primera meitat del segle XIX, ja que en la relació de les cases de pagès de 1856 apareix Joan Badia com a moliner del Molinot (ACBR. Relació de les cases de pagès, 1856). Per un document de 1863 sabem que en aquella època el molí era propietat de Pere Vilartimó, hisendat que habitava a Prats (ACA, Hacienda, Volúmenes, TER-P, 263), i a la seva mort, l'any 1866 va passar al seu fill, Josep Vilartimó i Saladich (ACBR. Notarials. Ramon Coll, 1866, pàg. 37).
Pel que fa a l'anàlisi de les estructures, veiem diferents moments constructius. La part més antiga de l'edifici és del segle XVI-XVII i es correspon amb la cantonada nord-oest, que era la zona de l'obrador. Al segle XVIII s'adossa a aquests murs preexistents un nou edifici de planta irregular. Al primer pis s'hi construeixen una habitació, una sala i un pastador. A la planta baixa s'hi col·loquen uns estables. En el segle XIX es construeix l'eixida adossada a la façana sud i al segle XX es reforma l'estructura interior i s'eleva l'edifici convertint les golfes en un nivell d'habitació.
