La col·lecció arqueològica del Museu Municipal prové majoritàriament dels jaciments prehistòrics de la cova del Toll, la cova de lesToixoneres i la balma de Gai. Consta de més de 10.000 peces, entre les quals podem trobar, majoritàriament, fragments ceràmics i recipients d'època neolítica i de l'edat del bronze amb i sense decoració. La col·lecció també conté un gran nombre de peces d'indústria lítica (de pedra polida i sílex): puntes de fletxa, aixes, destrals; art mobiliari: molins barquiformes i mans de molí; indústria òssia: punxons, botons, agulles, culleres, aixovar de diferents dólmens del municipi (collarets, polseres); restes antropològiques. Formen part de la col·lecció 15 enterraments de diferents etapes del neolític (cova del Toll) quatre d'ells i un crani d'època del Bronze exposats en l'exposició permanent. De metall també hi ha un punyal de bronze i destaca un fermall de bronze molt interessant (veure fitxa191). En la col·lecció hi ha un bon nombre de peces que estan siglades, són les peces que han sigut estudiades durant els anys 50 i següents o en les últimes campanyes d'actuació en els diferents jaciments prehistòrics de les coves del Toll, Toixoneres, balma del Gai i dólmens del municipi. El Museu compta amb una gran col·lecció de restes paleontològiques del Toll: os de les cavernes, hiena, bos primigenius, cavall, cérvol, rinoceront de Merck, rinoceront llanut, lleó de les cavernes, bisó, hipopòtam...fauna que ocupava el període inicial i central de Würm a l'època del Quaternari. De les coves de les Toixoneres hi ha restes d'ós de les cavernes, de hiena de les cavernes, de conill, cabra salvatge...típics d'una època més antiga que la del Toll, més pròpia de l'interglacial Riss-Würm. El fons antropològic del Museu està basat en restes de diferents enterraments humans de diferents períodes del Neolític, Bronze en l'ocupació prehistòrica de la cova del Toll. També hi ha alguna resta antropològica de dólmens del municipi com el del Puig-rodó o el Cospinar, i de les rodalies, com ara el de Fontscalents a Castellterçol. Quant a la col·lecció de fòssils, el museu té una exposició permanent i un fons molt ric en fòssils marins trobats a diferents indrets del municipi.
