Aquest mas és d’origen medieval i ja apareix citat en una relació de masos del l’any 1368. En aquesta època, concretament el 1384, consta que havia de pagar un quart del delme al monestir de Santa Clara de Manresa, igual que el mas Santa Cecília. Vilafruns estava habitat per masovers, i els seus estadants no van adoptar el nom del mas. Per això no consta en els fogatjaments dels segles XV i XVI. Al segle XVII era propietat del mas Martí, igual que Fucimanya. Així consta en el capbreu de 1681. Al segle XVIII aquests dos masos van passar a ser propietat directa de la baronia de Balsareny. Antigament el mas tenia terres també a l’altra banda del camí, vorejant el terme del mas Gener fins el pla de Calaf.
A mitjans de segle XIX el propietari era Josep Roig Mercader, de Barcelona. L’any 1851 va vendre el mas a diversos propietaris de Sallent, Barcelona i Castellar. Amb la intenció d’aixecar una fàbrica de filats i teixits al costat de la masia, els compradors van demanar la concessió d’aigua del riu Llobregat, que els hi fou concedida el 1851. En realitat, però, dels tres compradors només Ramon Valls, de Sallent, estava interessat en la fàbrica, i els anys següents la va edificar. El 1856 ja estava en funcionament, i Ramon va crear una societat amb els seus germans per explotar-la (Ferrer, 2011: 394). Ramon Valls va morir el 1858, sent propietari de dues terceres parts del mas Vilafruns. També posseïa el mas Vilar de Balsareny. Des d’aquesta època la masia de Vilafruns ha quedat vinculada a la fàbrica, que es troba tan sols 100 metres al sud.
A principis de segle XX la fàbrica de Vilafruns, com també la del Molí, va patir un incendi. El 1921 la va comprar Ricard Viñas Coma, i llavors va ser coneguda com a fàbrica de cal Vinyes. La propietat incloïa la masia de Vilafruns. Durant la segona meitat del segle XIX o començaments del XX s’hi han fet ampliacions importants. A la masia hi van viure masovers encara fins els volts de l’any 2000.
Ricard Viñas va voler encarregar una escultura dedicada a Santa Cecília, en recordança d'una petita capella que hi havia hagut prop de la fàbrica. L’escultura es va executar a la dècada de 1920, en un estil clàssic i de línia noucentista. Estava col·locada als jardins de la masia. Ricard Viñas havia projectat fer-hi una nova capella dedicada a la mateixa santa, la qual havia de formar part d’una petita colònia industrial que volia que es conegués amb el nom de Santa Cecília (Soler, 1989: 16). Després l’escultura fou traslladada i ha tingut diferents ubicacions. Des de fa uns anys, s’ha col·locat novament als antics jardins del mas Vilafruns.
