En l'actualitat els fons arxivístics i bibliogràfics que es troben a la parròquia de Santa Maria de l'Estany estan instal·lats a la planta baixa en les dependències annexes al claustre, que també acullen el museu. Tot just entrar, en el vestíbul d'accés al museu es percep un ambient de notable humitat, que tanmateix desapareix al cap d'una estona de mantenir-se una activa circulació d'aire per l'obertura de les finestres. En els darrers anys s'ha tingut especial cura en mantenir una bona ventilació dels espais quan el temps ho permetia, fet que ha evitat deterioraments importants, però aquests espais són naturalment humits, i es detecten algunes alteracions en els documents emmarcats i penjats a la paret, Hi ha tres documents en pergamí en aquesta situació, dos al passadís d'accés i un altre en una paret més propera a la sala on hi ha al major part dels documents bibliogràfics i arxivístic. Els que mostren més alteració pels efectes de la humitat i dels fongs són els dos que hi ha al passadís d'entrada, una butlla de l'any 1507 de 49x84 cm., i una altre butlla de l'any 1616 de 53x79 cm. I especialment el primer d'ells, situat a la paret de la dreta de l'entrada .El tercer dels pergamins emmarcats, més gran (145x70),no presenta alteracions aparents. En la sala en què es troba agrupada la major part de la documentació aquesta es troba instal·lada en quatre armaris. Armari número 1,de fusta, amb dues parts de 1.30m,de 10 prestatges cada un. Del total de 20 prestatges d'aquest armari,15 15 contenen fons bibliogràfics o hemerogràfics i els cinc restants contenen documentació arxiu. Armari 2,de 1,75 m d'amplada, conté vuit nivells de prestatgeria, tres dels quals són de documentació d'arxiu i els altres cinc de documentació bibliogràfica. Armari 3.Encastat a la paret.D'1,15m d'amplada. Conté 4 nivells de prestatgeria, dels quals 2 són ocupats per capses que contenen fotografies de peces de museu mentre que les altres dues una conté butlletins oficials del bisbat i l'altra altre tipus de llibres Contemporanis. Armari 4.Encastat a la paret.D'1.15 m d'amplada i quatre nivells de llibres, conté butlletins del bisbat, i revistes "Ecclesia". Aquesta documentació cal afegir-hi uns 40 cm que es troben en un armari (núm 5) en el primer pis de la rectoria, on també hi ha uns 30 cm corresponents als fons ubicats a la planta baixa.
